Unit Bakteriologi ditubuhkan dalam tahun 1990 seiring dengan penubuhan Institut Penyelidikan Perubatan. Di awal tahun-tahun penubuhannya, kerja-kerja Mikrobiologi yang dilakukan di unit ini adalah terutamanya berkenaan kualiti mikrobiologi sumber air asli di negara ini dan perkhidmatan diagnostik Bakteriologi.
Selepas beberapa tahun, Unit ini berubah secara beransur-ansur kearah unit penyelidikan. Semasa perubahan ini beberapa pencapaian dilakukan. Diantara pencapaian tersebut ialah pengesahan yang dibuat oleh ahli patologi Whitemore, Fletcher dan Stanton bahawa Bacillus malei (kemudiannya dikenali sebagai Burkholderia psudomallei) sebagai agen penyebab meliodisis; pengasingan Streptomyces, fungi penghasil antibiotik, dari tanah di Malaysia (1951); dan penemuan antibiotic aktinonim (1961). Satu lagi pencapaian besar ialah kejayaan unit ini membangunkan ujian immunoproksidase untuk ujian diagnosis makmal tifus skrub (1985).
Fokus unit ini sekarang ialah menjalankan penyelidikan penyakit berjangkit dan organisma yang menyebabkannya. Teknik-teknik molekular termasuk sintesis peptid dan protein rekombinan, prob DNA dan teknik amplifikasi dan hibridisasi DNA seperti tindakbalas berantai polymerase dan elektroforesis gel medan denyut semakin galak digunakan sebagai tambahan kepada kaedah tradisi seperti pengkulturan, penserotipan dan tiping faj yang diketahui mempunyai had dan kekurangan.
Unit ini menerima pengiktirafan WHO sebagai Pusat Rujukan Salmonella Kebangsaan. Unit juga adalah Pusat Pengumpulan Kultur semenjak 1970 dan Pusat Fokus dalam Pengawasan Kerintanan Antibiotik Kebangsaan.